Η ΠΦΛ αποτελεί Νομικό Πρόσωπο Δημοσίου Δικαίου εποπτευόμενο από το Υπουργείο Παιδείας και διοικούμενο από Διοικητικό Συμβούλιο, με Πρόεδρο τον εκάστοτε Πρύτανη και Μέλη τους Κοσμήτορες των Σχολών του ΑΠΘ. Λειτουργεί σήμερα βάσει των προεδρικών διαταγμάτων Π.Δ. 387/1983 (ΦΕΚ 141/Α/1983 ) και Π.Δ. 207/2005 (ΦΕΚ 251/Α/2005), όπως τροποποιήθηκαν και ισχύουν.